Vznik obce Křižovatky je možné datovat již do roku 1199. První písemné zmínky o obci jsou z roku 1322. Okolo roku 1213 byl v obci postaven kostel, který patří mezi jedny z nejstarších na Chebsku. Byl několikrát zničen a přestavěn.

Původně gotický kostel sv. Kateřiny byl do dnešní podoby přestavěn v letech 1812 - 1813, kdy k němu byla připojena nová věž. V kostele najdeme sošku sv. Jana Nepomuckého, kazatelna je vybudována v pseudorománském slohu. Kamenná křtitelnice z roku 1877 dnes slouží jako kropenka. Kostel je v havarijním stavu a je nutná jeho rekonstrukce. Doufejme, že se v nejbližší době podaří nashromáždit dostatek finančních prostředků na jeho záchranu a odvrátit tak nebezpečí zániku jediné kulturní památky v obci.

Jméno obce vzniklo ze dvou slov kling (zvuč) a hart (drsně), kdysi zde vedla cesta ze zaniklého loupežnického hradu Neuhaus u Skalné (zanikl ve 13. století) do Prahy a protože zde byla krajina drsná a tvrdá, začalo se říkat klinghart. Křižovatka byla říšským lénem se dvěma nepoplatnými dvory, propůjčovanými obyčejně vdovám po majitelích Skalné. Obyvatelé se vedle zemědělství počátkem 20. století živili i ručním tkaním, pletením, drobnými řemesly a provozy. V obci se počaly vyrábět hudební nástroje.

Škola s pravidelným vyučováním fungovala v obci od roku 1770 v domě č.p. 53. V roce 1817 byla v obci ve spolupráci s obcí Velký Luh vystavěna nová školní budova. Od roku 1850 měla obec právo konání dvou ročních trhů. V obci došlo i ke katastrofám v podobě požárů. Nejvíce byl postižen dům č. 36, který vyhořel během 19 let třikrát. V roce 1878 vznikl dobrovolný hasičský sbor. Obec byla elektrifikována v roce 1922.

Noviny vycházející v roce 1875 psaly o všech událostech, které se v obci udály. Např. dne 09.01.1875 list Egerer Zeitung napsal : „4.1. t.r. byl nalezen na silnici mezi Křižovatkou a Hrzínem mrtvý cestář Johan Klier, který šel 30.12.1874 do Skalné pro svůj plat. Při návratu ve večerních hodinách pravděpodobně zabloudil a ve sněhové vánici zmrznul. Byl převezen do obecního domu v Křižovatce a po ohledání lékařem ze Skalné byl 6.1. pochován za velké účasti válečných veteránů, se kterými bojoval r. 1866 v bitvě u Hradce Králové.“ Největšího rozmachu dosáhla obec ve 30-tých letech 20. století. Obec tehdy měla 86 domů a okolo 620 obyvatel. Po roce 1945 však již bylo pouze 238 obyvatel a u této hranice se počet obyvatel drží do současnosti. K obci byly dříve přidruženy obce Velký Luh, Šneky, Nová Ves. Dnes již k obci patří pouze Nová Ves.